Karen Putzer creció en Welschnofen , donde todavía vive hoy. La hija de un instructor de esquí comenzó a esquiar cuando tenía tres años. Demostró ser un gran talento y ganó el Trofeo Topolino en 1991 . El 23 de enero de 1995, cuando tenía 16 años, participó por primera vez en una carrera de la Copa del Mundo . Al año siguiente se convirtió en campeona del mundo junior de slalom gigante en Hoch-Ybrig . Tres títulos más del campeonato mundial junior en Super-G, slalom gigante y combinados siguieron en 1997 en Schladming .
En el invierno siguiente, Karen Putzer solo pudo disputar dos carreras. Después de una rotura del ligamento cruzado , estuvo fuera de juego durante toda la temporada 2003/04 . En 2005 pudo volver a establecerse en la cima del mundo con varias colocaciones entre los diez primeros y un podio. El mejor resultado de la temporada 2005/06 fue un octavo puesto, tras finalizar la temporada tuvo que someterse a un reemplazo de cadera. En enero de 2007 volvió a ganar el eslalon gigante de Cortina d'Ampezzo .
En el próximo invierno, Putzer tuvo que someterse a otra operación de cadera después de cuatro carreras de la Copa del Mundo. En la temporada 2008/2009 se quedó sin un resultado máximo, un noveno lugar en el slalom gigante de Maribor fue su mejor resultado. Debido a problemas de salud persistentes, se abstuvo de participar en las carreras del invierno de 2009/10.
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